Η πρωτεύουσα-Χώρα του νησιού είναι δομημένη γύρω από ένα λόφο, στην κορυφή του οποίου δεσπόζει το ενετικό κάστρο κτισμένο το1207, όταν ο Μάρκος Σανούδος εγκαθιδρύει την κυριαρχία του στο Αιγαίο, ιδρύοντας το Δουκάτο του Αιγαίου με έδρα τη Νάξο.
Το Κάστρο της Χώρας αποτελεί ένα από τα λίγα εξ ολοκλήρου σωζόμενα οικιστικά σύνολα με δομή οχυρωμένου μεσαιωνικού οικισμού, ενώ είναι από τις σπάνιες περιπτώσεις που γνωρίζουμε από γραπτές πηγές ότι διαμορφώθηκε βάσει συγκεκριμένου σχεδίου. Είναι ένας περιτειχισμένος οικισμός με πύλες, περιμετρικούς και κεντρικό πύργο και κατοικίες οργανωμένες σε ομόκεντρη διάταξη, οι συνεχόμενοι εξωτερικοί τοίχοι των οποίων διαμορφώνουν το τείχος του.
Σήμερα σώζονται οι τρεις από τις πύλες, εκ των οποίων η μία (Τρανή θύρα) διατηρεί και την ξύλινη πόρτα, από τους περιμετρικούς πύργους σώζεται ο κυκλικός πύργος δίπλα στην Τρανή πόρτα (πύργος Κρίσπι ή Γλέζου) και τα ερείπια του κεντρικού πύργου. Τα σπίτια του κάστρου κατοικούνται σε μεγάλο ποσοστό (κυρίως τους καλοκαιρινούς μήνες), ενώ εντός του κάστρου υπάρχουν και βενετικά εκκλησιαστικά κτίρια : η καθολική μητρόπολη, η μονή των Ουρσουλίνων, η μονή των Καπουτσίνων και η μονή του Αγ. Αντωνίου.
Γύρω από το λόφο του κάστρου έχει αναπτυχθεί η υπόλοιπη πόλη, ιδιαίτερα πυκνοδομημένη με αρκετές συνοικίες διαφοροποιημένες ως προς το ύφος.
Οι συνοικίες σε άμεση επαφή με το κάστρο αναπτύχθηκαν προσθετικά από την περίοδο της Ενετοκρατίας μέχρι και το 1860, με τα σπίτια να ακολουθούν παλιά μονοπάτια γύρω από το λόφο. Πρόκειται για τις συνοικίες Μπούργος και Αγορά , όπου αποτελούν τα μεσαιωνικά τμήματα της Χώρας, την Εβραική, τη Γρόττα και τη Φουντάνα, που δημιουργούνται κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας όταν το νησί παραχωρείται σε Εβραίο ηγεμόνα, και το Νιό Χωριό που δημιουργείται από Κρητικούς μετανάστες.
Στο παραδοσιακό τμήμα αυτό της πόλης, όπως και στο Κάστρο, δημιουργείται οχυρωματικό τείχος από τους εξωτερικούς τοίχους των οικιών κάθε συνοικίας.
